Le premier tour de la FIBA Europe Cup terminé, on connaît maintenant les groupes du deuxième tour. Les quatre clubs français, le BCM Gravelines-Dunkerque, Nanterre 92, l'Elan Chalon et l'Elan Béarnais Pau-Lacq-Orthez, qui ont terminé premiers de leurs groupe, ne se croisent pas encore.
Le deuxième tour débutera le 14 décembre et se jouera en match aller-retour. Les deux premiers de chaque groupe sortiront et croiseront ensuite des équipes sorties de la Ligue des Champions.
| Groupe K | Groupe L | Groupe M | Groupe N | Groupe O | Groupe P |
| Elan Chalon | BCM Gravelines | Bonn | Nanterre 92 | Pau-Lacq-Orthez | Lukoil Academic |
| Gaziantep | Demir Insaat | Prienu-Birstono | Tsmoki-Minsk | Alba Fehervar | Donar Groningen |
| Sodertalje Kings | Antwerp Giants | Redwell Gunners | Bnei Herzliya | U-BT Cluj Napoca | BC Enisey |
| BC Mures | Prievidza | APOEL | Kormend | BK Pardubice | SL Benfica |
